На 17 юли 1990 г. правителството на Андрей Луканов взема решение тялото на Георги Димитров да се извади от мавзолея и да бъде погребано. Решението е изпълнено още същата нощ и тялото на Георги Димитров е погребано в Централните софийски гробища.

След изваждането на тленните останки от мавзолея в продължение на девет години се водят дебати за съдбата на сградата. Надделява мнението, че мавзолеят трябва да бъде разрушен, за да не се превърне в символ на тоталитаризма и място за комунистически поклонения.

Разрушаването на мавзолея започва на 21 август 1999 г., командвано лично от Евгений Бакърджиев - вицепремиер и министър на регионалното развитие и благоустройство в правителството на ОДС. Първият взрив е извършен в 14.37 ч. По-късно са извършени още три големи взрива, след което разрушаването продължава с машини. Последните отломки са извозени в късния следобед на 27 август 1999 г.

Мавзолеят е построен през 1949 г., за да съхранява балсамираното тяло на комунистическия ръководител. Изграждането му започва веднага след смъртта на Димитров и завършва за рекордните …шест дни.