Той е една от ключовите фигури на българското Възраждане

Иларион се ражда със светското име Стоян Михайловски през 1812 година в град Елена. Учи в родния си град, а след това в гръцкото училище в село Арбанаси. През 1832 година се замонашва в Хилендарския манастир на Света Гора, а през следващите две години (1833-34) учи в Карея. Патриотизмът и любовта на Иларион към просветата се зараждат в училището на гръцкия философ Теофил Каирис, който признава единствено гръцкия език и народ.  В резултат и отговор на нападките на гърците, Макариополски и Иван Добрович създават тайно „Славянобългарско ученолюбиво дружество“, чиято цел е „събуждане“ на българския народ чрез просвета. В периода от 1841 до 1844 година Макариополски продължава обучението си в Куручешменското училище в Цариград като същевременно е и писар в Патриаршията. Така той получава изключително високо за времето си образование и достига до извода, че е наложително да се реши българският църковен въпрос.

Именно затова през 1844 година, заедно с Неофит Бозвели, Макариополски осъществява контакт с Михаил Чайковски (полски агент от френското посолство в османската столица), който ги съветва да изготвят прошение до Високата порта. Знаейки и разбирайки, че без благосклонното отношение на османското правителство към българите, няма как да бъде решен българо–гръцкият спор, Неофит Бозвели написва меморандум до великия везир. Същата година подобно изложение написва и Иларион Макариополски.

В двата документа са формулирани 6 основни искания: българите да имат свои архиереи, които да се избират от епархиите; да издават свободно български вестници и книги; да имат свои училища; да се открие българска църква в Цариград и в българските градове да се създадат смесени съдилища. По същността си прошенията на Бозвели и Макариополски са първата програма на църковното движение. През 1845 година Неофит и Иларион са официално упълномощени да представляват българските еснафи по въпросите на „вярата“.

Активността на двамата водачи на църковното движение плаши гръцкия патриарх, който ползвайки се с подкрепата на Русия, издейства от Високата порта те да бъдат заточени в Света Гора. Там през 1848 година умира Неофит Бозвели. През 1850 година, с помощта на Андрей Муравьов, Иларион е освободен и се завръща в Цариград. През 1851 година участва в изготвяне устава на  храма „Свети Стефан“, а през 1852 година е представител на Атонските манастири в Цариград.

След подписването на Хатихумаюна (султански ферман, гарантиращ равни граждански права на християните спрямо мюсюлманите в Османската империя) през 1856 година, българите издействат ръкополагането на Макариополски за епископ на цариградската българска колония. През 1857 година, за да тушира засилващата се враждебност между българите и Патриаршията, Високата порта предлага на патриарха да свика събор, който да се произнесе по българските искания. След двегодишно заседаване участниците в събора застават зад позицията на Патриаршията, което кара цариградските българи да предизвикат сами скъсване с нея.

Така на 3 април 1860 година, под ръководството на Иларион Макариополски, бива организирана Великденската акция. По предварителен сценарий, по време на службата Иларион не споменава името на гръцкия патриарх, което според църковните канони означава отхвърляне властта на патриарха. След акцията всички общини се отказват от гръцките си духовници и признават за свой църковен глава Иларион Макариополски. В отговор през 1861 година Гръцката патриаршия заточва Иларион и подкрепилите го Паисий и Авксентий. Иларион остава заточен до 1864 година, след което се установява в Ортакьой.

На 27 февруари 1870 година, след 30-годишна борба, българите постигат своята църковна независимост. Учредена е Българската екзархия с пръв екзарх Антим I. Иларион Макариополски е един от кандидатите за екзарх, но бива отхвърлен от Високата порта. Макар разочарован от факта, че не получава заслужения пост, през 1872 година Иларион е ръкоположен за Търновски митрополит. В качеството си на такъв той насърчава просветното дело в цялата област. През 1874 година полага основите на Петропавелската духовна семинария в Лясковец. Умира на 4 юни 1875 година в Цариград. Погребан е в двора на желязната църква „Свети Стефан“.

Постигането на църковна независимост е голям успех за възрожденските българи. Тя носи признаване на българите и техните етнически граници в рамките на Османската империя. Огромен принос това да се случи има Иларион Макариополски, който посвещава живота си на църковното движение и борбата срещу Гръцката патриаршия.